前一秒还在享受着自由的喜悦，后一秒却又入了囹圄。上一季结束时Michael Scofield含冤进了号子，还是那又没规则又没警卫，眼看着就不怎么好逃的巴拿马地狱号子---Sona。当然，米帅嘛，还是能逃出去的。不过要看他怎么逃呢，还得看这跌宕起伏，惊险刺激的越狱第三季。
这季小掉了个个儿，Lincoln要在监狱外想辙救弟弟，同时他还得救自己被绑架的儿子LJ，还有Michael的至爱Sara Tancredi。好在他也算有了个帮手，一起从狐狸河逃出来的狱友Fernando Sucre。这季Lincoln艳福不浅，忙着救这救那的同时还跟俩美女有染，不过这俩美女也不是省油的灯，最后还都对这次惊天大越狱帮助不小，成啊，Lincoln。一个是为“公司”死忠效力的酷弊女人Susan B. Anthony；一个是Whistler的无辜女友Sofia，可怜她还不知道自己将要面临的危险。
时间紧迫啊，Michael和Lincoln必须得想出办法和自己的深爱的人重聚，同时打倒“公司”，策划并实施这个史上最惊险刺激振奋人心惊天大越狱。